Jackson tenía una relación problemática con su padre. En 2003, Joe reconoció que él regularmente lo azotaba siendo niño.
También se dijo que Joe había abusado verbalmente de su hijo, a menudo diciendo que tenía una “nariz gorda”. Jackson declaró que en su niñez fue abusado física y emocionalmente durante los ensayos incesantes, aunque acreditó que la disciplina terminante de su padre jugó un papel importante en su éxito.
En una entrevista con Martin Bashir para el documental de 2003 Living with Michael Jackson, Jackson recordó que Joe a menudo se sentaba en una silla con un cinturón en la mano mientras él y sus hermanos ensayaban, y que «si no lo hacías de la manera correcta, te daba una paliza, realmente te azotaba». Los padres de Jackson han disputado las alegaciones de abuso durante mucho tiempo, con Katherine afirmando que mientras azotar es considerado abuso hoy en día, era una forma todavía común de disciplinar a los niños en la época. Jackie, Tito, Jermaine y Marlon también han dicho que su padre no era abusivo y que los azotes, más difíciles de afrontar para Michael porque era más joven, los mantuvieron disciplinados y fuera de problemas.
Hablando abiertamente sobre su infancia en una entrevista con Oprah Winfrey transmitida en febrero de 1993, Jackson reconoció que su juventud había sido solitaria y aislada.
Su profunda insatisfacción con su apariencia, sus pesadillas y sus problemas crónicos de sueño, su tendencia a permanecer hiperobediente, especialmente con su padre, y a permanecer infantil en la edad adulta, son consistentes como efectos del maltrato que sufrió cuando era niño. Su padre cometió adulterio varias veces, y fruto de una de estas relaciones extramatrimoniales tuvo una hija.
Ese tipo de relación hizo que la pareja no se sintiese a gusto con su relación nupcial, por lo que desde 2005 la pareja decidió dejar de vivir junta y en agosto de 2010 anunciaron su separación después de 60 años de matrimonio. Algo duro para los hijos Jackson.
