Irena se unió entonces al Consejo para la Ayuda de Judíos, conocido como Zegota, como miembro del cuerpo sanitario para encargarse de paliar los casos de enfermedades contagiosas. Ante la amenaza de una epidemia de tifus, los nazis fueron permisivos con las personas que entraban en el gueto para intentar frenar la enfermedad.
Además de ayudar a otras enfermeras no judías a introducirse en el gueto, Irena pronto vio se dió cuenta de que aquel espacio controlado y vigilado sólo podía ofrecer un futuro oscuro para sus habitantes. Así que decidió buscar la manera de sacar del gueto al menos a los más pequeños. Era una decisión terrible para las madres que debían desprenderse de sus hijos pero en muchas ocasiones era la única manera de salvar sus vidas. Muchos de sus padres terminarían falleciendo en los campos de concentración a los que fueron trasladados.
La manera más sencilla de sacar a los niños del gueto era mediante las ambulancias que trasladaban a los más graves a los hospitales de fuera del espacio controlado. Pero pronto tuvo que buscar otros métodos para hacerlo. Desde colocarlos dentro de bolsas de basura hasta en ataúdes, cualquier idea era bienvenida.
De los 2,500 niños a los que pudo salvar de una muerte segura, Elzbieta Ficowska fue uno de los casos más conocidos. En aquel terrible 1942, era solamente una bebé de escasos meses cuando se le fue administrado un narcótico y la colocaron en una caja con agujeros que pusieron escondido en un cargamento de ladrillos. Sus padres murieron en el gueto y la pequeña Elzbieta fue criada por Stanislawa Bussoldowa, una conocida de Irena. Una cuchara de plata con la fecha de su nacimiento y su apodo, Elzunia, grabados fue el pequeño objeto que mantuvo a Elzbieta unida a sus raíces. Y es que Irena siempre quiso que los niños a los que salvó no perdieran nunca sus orígenes y su verdadera identidad. Para eso llevó un exhaustivo registro que enterró en el jardín de una vecina por si ella fallecía.
El 20 de octubre de 1943 las cosas se complicaron para Jolanta, nombre en clave de Irena, quien fue detenida por la Gestapo. En la prisión de Pawiak fue sometida a terribles torturas con las que los nazis no consiguieron sonsacarle el paradero de los niños a los que había estado ayudando a escapar del gueto. Condenada a muerte, Irena pudo escapar de la prisión gracias a un soldado quien la ayudó a escapar y su nombre fue apuntado en la lista de ejecutados. Hasta el fin de la guerra, continuó con su labor bajo un nombre falso.
Una vez terminada la guerra, Irena desenterró las listas con los nombres de los niños y la entregó al Comité de salvamento de los judíos supervivientes.
Se casó y tuvo tres hijos, tras décadas de vida anónima, cuando su fotografía fue publicada en los periódicos fueron muchos los hombres y mujeres que reconocieron en aquella mujer a la enfermera que salvó sus vidas durante la ocupación nazi de Polonia.
La Orden del Águila Blanca de Polonia, título de Justa entre las Naciones de organización Yad Vashem de Jerusalén o su candidatura al Premio Nobel de la Paz fueron algunos de los reconocimientos a una mujer quien nunca pensó que su labor humanitaria descubierta muchos años después levantara tanto revuelo. Para ella fue lo que tenía que hacer.
Irena Sendler falleció en Varsovia, el 12 de mayo de 2008. Tenía 98 años.